Você só poderá batalhar com Rayquaza depois de ter colocado Kyogre e Groudon para dormir, logo quando o 8º ginásio passa a ser acessível (isso quer dizer que não é necessário ter derrotado a Elite 4 ainda). Traga a Mach Bike, se não estiver com ela, troque a bike no Bike Shop de Mauville. Use Fly até a cidade de Pacifidlog e nade à direita, seguindo as pedrinhas ao norte, achará uma entrada, e verá uma caverna, atravesse-a e chegará numa torre chamada "Sky Pillar". Pode se entnder que aqui é como um Unknown Dungeon ou Mt. Silver das versões antigas. Diferente das versões R/S, os pokémons nesse lugar aparecem em torno do lv.30.
2º andar: Pra passar por aquelas rachaduras no chão, use sua Mach Bike. E siga livre, lembrando que você não pode perder a velocidade com sua bike, senão você cai no 1° andar, e você tem que pegar velocidade antes de passar pelos buracos. Fique 2 passos atrás da rachadura antes de atravessá-la. E chegue no 3° andar.
3º andar: Aqui está livre, e você notará que terá duas escadas, mas uma está bloqueada, então vá pela da direita.
4º Andar: O mais difícil, você terá que passar por todas as rachaduras, de uma vez só. Mas também tem algumas manhas para ir parando, é só ir mudando de posição, fazendo a bike pegar velocidade. Para você ir para o quinto andar, você tem que cair perto do lugar da escada bloqueada.
5º andar: O mais fácil, só subir as escadas ao lado, mas cuidado pra não cair nos buracos dali.
6º Andar: Só continue, já se preparando para enfrentar um pokémon lendário.
Capturando Rayquaza: Suba ali, e veja o dragão. Use golpes de gelo, pode ajudar na captura. Outra boa dica é você usar golpes que lhe faça adormecer, ficar congelado ou paralisado, etc. Lembre-se de salvar o jogo antes de capturá-lo. Ele estará no lv.70.